Depois de iniciar sua carreira profissional no Dínamo Zagreb, aos 16 anos, o conceituado meio-campista croata Alen Halilovic foi transferido definitivamente para o Barcelona, onde passou dois anos antes de ingressar no Hamburgo por mais duas temporadas.
Durante seu tempo no Camp Nou, ele jogou principalmente pelo Barcelona B antes de passar a temporada 2015-16 emprestado ao Sporting Gijon.
Depois de ingressar no Hamburgo em 2016, ele foi emprestado ao Las Palmas, time da La Liga, durante a campanha 2017-18.
Em 2018, pouco depois de completar 22 anos, assinou pelo AC Milan, o sexto clube de sua carreira – enquanto a Itália se tornou o quarto país diferente em que jogou.
O meio-campista posteriormente passou por Birmingham City e Reading. Ele agora joga pelo Fortuna Sittard da Holanda.